Depois de alguma pesquisa descobri algumas teorias expelulativas:

Teoria 1:
A palavra cueca surgiu de zambacueca (mescla de dança e música popular no chile e no Peru). Ou seja o "cu" da palavra não tem nada a ver com ânus, logo a troca por pau não convém.

Teoria 2:
Na hora de batizar a roupa íntima, o cú e o pau resolveram tirar a sorte no palitinho. Só que, naquele fatídico dia, o cú estava virado para a lua...

Faz sentido?